Nordisk kulturkontakts direktör är juridiskt, ekonomiskt och administrativt ansvarig för institutionen och rapporterar därmed till Nordiska ministerrådets generalsekreterare.
Styrelsen fungerar som ett rådgivande organ till stöd för direktören. Den interna kontrollen av verksamheten är god och har inte föranlett några kommentarer av Statens revisionsverk i Finland.
NKK anlitar en extern bokföringsbyrå och alla inkomna fakturor attesteras enligt väl dokumenterade rutiner av direktören efter att de sakgranskats av ansvarig rådgivare. Direktörens utlägg attesteras av ekonomi- och HR-chefen enligt önskemål från Nordiska ministerrådets sekretariat. Årsräkenskaperna revideras av Finska statens revisionsverk. Eftersom styrelsen sedan 2016 endast är ett rådgivande organ undertecknar styrelsemedlemmarna inte bokslutet. Årsrapporten i sin helhet gås dock igenom på årets första styrelsemöte i mars 2026.
NKK har väl utvecklade och dokumenterade rutiner för styrning och planering av verksamheten. Under 2025 förtydligades delegationsordningen i organisationen med att teamkoordinatorerna blev teamledare med personalansvar.
De viktigaste övergripande styrningsdokumenten är, förutom Nordiska ministerrådets vision 2030 och kulturministrarnas samarbetsprogram 2025–2030, institutionens stadgar, det årliga beviljningsbrevet som utarbetas i samarbete mellan institutionen och Nordiska ministerrådets sekretariat samt en mer detaljerad, intern verksamhetsplan. Den årliga verksamhetsplanen tas fram av personalen under ledning av direktören. Den följer beviljningsbrevets riktlinjer och täcker alla delar av verksamheten.